Como en todo ranking, nadie puede criticar el de otra persona, pues son sus gustos y es algo personal.
Para mi, particularmente, los mejores son TLOZ, por inventar la fórmula que siguió toda la saga, totalmente adelantado a su época y que cambió el curso de los videojuegos para siempre; ALTTP por demostrar lo que puede dar de si la fórmula inicial perfeccionada, una auténtica obra maestra que introdujo conceptos en la saga como la verdadera resolución de puzzles, sidequests elaboradas y un uso de los objetos a lo largo del juego que marcaron las pautas a seguir. Por último, el tercero sería el OOT, llevando la saga a las tres dimensiones, el "otro tipo" de los juegos de Zelda, conservando la esencia de los originales adaptándola a la nueva tecnología, que permitía una mayor caraterización en movimientos de espada, diseño de personajes y escenarios... además de añadir el transporte a caballo, la profundidad de la historia, el diseño de mazmorras... elementos que hoy en día forman parte del ADN de Zelda.
A pesar de que considero a estos tres como los mejores, el juego que ha sido mi favorito desde el momento que lo jugué ha sido MM, el único que ha sido capaz de alcanzar esa profundidad a nivel de relación y caracterización de todos personajes y situaciones, presentando el sistema de eventos alterables basados en el ciclo de 3 días, que realmente hace creer que dentro del juego hay una verdadera vida, que todo el mundo tiene un motivo que le mueve y en el que tu puedes interferir.
Además de ser uno de los juegos más valientes a la hora de introducir cambios y mecánicas nuevas en la saga.