A mi eso de definir la "perdida de exclusividad" como una desventaja me parece bastante subjetivo. Habrá gente que este algo mosca con que un juego que se compran en 3DS salga en Wii U y otras plataformas (o viceversa), pero también está el caso contrario:
Gente que tenga una plataforma (o el binomio Wii U/3DS) y quiera elegir comprarse el juego en una de las plataformas específicamente por que prefiera jugarlo en esa plataforma por el motivo que sea. Lo dicho, subjetivo y ya.
Con lo de las APIs la cosa está así: Open GL, Mantle y GX2, que es la API que usa Nintendo en Wii U (supongo que para las sucesoras será
GX3).
Direct X ya la podéis descartar por que es propiedad de Microsoft, y antes que la gente se engorile con que "
la api GX2 es innecesaria" y tal, quiero recordar que esta es la API que Nintendo usa para sus propios juegos, así que dejad a Nintendo trabajar con
SUS herramientas a gusto, ¿ok? Bien, sigo.
Por último el tema de los sistemas operativos.
Yo creo que lo más inteligente sería optar por la segunda opción planteada en el artículo, que a mi me parece la única opción sostenible a largo plazo y que proporciona un montón de ventajas. De todos modos hay que tener en cuenta que Linux no es el sistema operativo más adecuado para crear un S.O. propio, sin ir más lejos
PS4 tiene un sistema operativo propietario basado en FreeBSD, el
Orbis OS.
Para los despistados en temas de sistemas operativos que no sean Windows (en los cuales me incluyo ^^''

os diré que de hecho Linux es un poco copia de Free BSD, si os fijáis en
la historia de Linux os daréis cuenta que el objetivo en todo momento era conseguir un sistema operativo que tuviese todas las ventajas del sistema operativo
Unix de código libre (¡y gratis! jujujuju

), un sistema operativo de rango superior que a día de hoy aún es muy competente. Pues lo cierto que realmente
si queremos de versiones libres del sistemas Unix tenemos que hablar de FreeBSD. Si leéis este último enlace os daréis cuenta que FreeBSD es un sistema operativo mucho más robusto que Linux, de ahí que Sony se haya decantado por usar FreeBSD como modelo para crear su S.O.
Y recordad, los temas de compatibilidad de programas y tal no tienen ningún tipo de influencia el hecho de elegir Linux o FreeBSD por qué estamos hablando de
la creación de un sistema operativo basado en uno o en otro,
sea cual sea el SO libre en el que elijan basarse luego tendrán que trabajar codo con codo con AMD (Mantle) y Silicon Graphics (Open GL) para conseguir la compatibilidad.
Espero que con esta extensa explicación quede claro que lo mejor es hacer las cosas bien desde el principio y crear el SO propietario de Nintendo en el mejor S.O. libre existente, FreeBSD (parece que les esté haciendo publicidad o algo xD).
Y me callo, que me he tirado la tarde entera para escribir 6 párrafos de nada XD. Un saludo a todo el mundo

(Me voy a cenar

)
Edit: ¡Me cachis! Creo que se me ha adelantado todo quisqui XDDDD, eso por tardar ^^'''